Protez enfeksiyon tedavisi iki aşamada yapılır. İlk aşamada kalça veya dizde mevcut olan enfekte protez uygun yöntemlerle ve kemiğe en az zarar verilecek şekilde çıkarılır. Ardından canlı ve kanayan kemik ve yumuşak dokulara ulaşana kadar, enfekte dokular çıkarılır. Daha sonra bölge 10 litreye kadar serum fizyolojikle yıkanır. Bundan sonra hasta tekrardan ameliyata hazır hale getirmek için, yeni cerrahi önlükler ve örtüm seti kullanarak temiz bir şekilde bu ameliyatın ikinci safhasına geçilir. İkinci safhada, kalça veya diz ekleminin yerini geçici bir şekilde alacak ve koruyacak antibiyotikli spacer denen geçici protez konur. Bu spacer içine uygun antibiyotikler konur. Bu şekilde enfekte bölgenini antibiyotik tarafından daha yakından tedavi etmesi sağlanır. Bununla beraber, ameliyat sırasında alınan kültür örneklerinde üretilmiş mikroba uygun antibiyotikler damar yoluyla hastaya 4-6 hafta süreyle verilir. Yaklaşık bu kadar süreyle hasta antibiyotiksiz döneme alınır.

Yaklaşık 3 ayın sonunda gerek bölgede gerekse kan testlerinde (Lökosit, CRP ve Sed sayımı) enfeksiyonun geçtiğine kanaat getirildiyse, tedavinin ikinci aşamasına geçilir. İkinci aşamada, konmuş olan spacer çıkarılır, ardından tekrar yara temizliği ve yıkanmasından sonra hasta yeni örtüm setleriyle tekrar ameliyata hazırlanır. Uygun kesimlerle hazırlanmış kemiğe uygun ölçüdeki protez antibiyotikli sement (diz protezi için) yardımıyla tespit edilir. Kalça protezi, femoral kanal ve asetabulum yeterli hazırlandıysa sementsiz, olarak da yerleştirilebilir. Ameliyat sonrası takipler, sadece röntgen değil aynı zamanda laboratuar testleri ile de 3 ayda bir yapılır.